結論から言うと、色違いのポケモンも時空の歪みに出現します。
ランダムで出てくるポケモンも、固定で出てくるポケモンも色違いで出てきます。
また、オヤブンも同じように出てきます。
ただし、大発生のように色違いの確率が上がっているわけではなさそうなので、
通常の色違い発生率と思われます。

ランダム出現のサマヨール。
時間がたつと消えるので、捕まえるまで緊張感が半端ない……。
ランダム出現するポケモンは、他の場所でも捕まえられることがほとんどなので、
色違いを探すならそちらの方が良いですね。

固定(一度現れると消えないポケモン)で色違い出現。
偶然見つけた色違いヒノアラシちゃん。
御三家の色違いを狙うなら、時空の歪みよりも大大大発生で探す方が楽です。

